Durch die Ernennung des Erzbischofs von Wien ...

... DDr. Franz Kardinal König, der auch Vorsitzender der österreichischen Bischofskonferenz war, zum Militärvikar war eine Unterstützung beim weiteren personellen Aufbau gegeben.

Es gelang schrittweise Planstellen zu bekommen und - entsprechend der damaligen Heeresgliederung - die Militärpfarren bei Gruppenkommanden, dem Kommando der Luftstreitkräfte und bei den Brigadekommanden - zu besetzen. Die neuen Militärseelsorger kamen sowohl aus den Diözesen wie auch aus Orden.

Seit dem 1. Jänner 1960 wurde durch die Militärseelsorge für jene Personen, die der Jurisdiktion des Militärvikars unterstehen, eine eigene Militärmatrik geführt. Diese Militärmatrik wurde zentral im Militärvikariat (später dann Militärordinariat) geführt und erfaßt alle Taufen, Firmungen, Eheschließungen, Konversionen und Reversionen.

Organisatorisch erfolgte mit Erlaß vom 5. April 1960 unter Auflösung der bisherigen Abteilung für Militärseelsorge die Bildung des "Militärvikariates" und des "Evangelischen Militärseelsorgeamtes" (Leitung Militärdekan Hellmut May, heute Evangelische Militärsuperintendentur) als dem Bundesministerium für Landesverteidigung unmittelbar nachgeordnete Dienststellen.

Militärdekan Johann Innerhofer wurde mit der Leitung des Militärvikariates betraut und war bereits am 4. April 1960 zum Militärprovikar ernannt worden.

Mit 5. April 1960 hatte die Militärseelsorge folgende Struktur:
•   Militärvikariat
•   Militärpfarren bei den Gruppenkommanden I, II und III
•   Militärpfarre beim Kommando der Luftstreitkräfte
•   Militärpfarre bei der Theresianischen Militärakademie
•   Militärpfarren bei den Brigaden 1, 2, 3, 4, 6, 7 (5. und 8. Gebirgsbrigade waren unbesetzt)
•   gleichfalls unbesetzt war die Militärpfarre bei der Panzertruppenschule (später 9. Panzerbrigade bzw. 9. Panzergrenadierbrigade)

Mit Wirkung vom 1. Jänner 1961 wurde die Militärpfarre beim Fliegerführungskommando in Langenlebarn errichtet. In der österreichischen Diözesaneinteilung wurde schrittweise durch Verträge zwischen Österreich und dem Vatikan eine Angleichung der Territorien der Diözesen an die Gebiete der Bundesländer erreicht: Im Jahr 1960 wurde die Diözese Eisenstadt errichtet, im Jahr 1964 die Diözese Innsbruck und im Jahr 1968 die Diözese Feldkirch.

Somit gab es nun neun Diözesen, deren Territorien im wesentlichen denen der jeweiligen Bundesländer entsprachen (die größte Abweichung besteht in Niederösterreich, dessen westlicher Teil das Territorium der Diözese St. Pölten bildet, dessen ostwärtiger Teil aber Territorium der Erzdiözese Wien ist) und die Militärseelsorge im Bundesheer als eigene kirchliche Institution unter der Leitung des Militärvikars.

Durch den Beschluß des Ministerrates vom 17. Juli 1962 über die Änderung der Organisation des Bundesheeres wurde die erste Umgliederung des Bundesheeres eingeleitet: Den drei Gruppenkommanden unterstanden nun 7 Einsatzbrigaden mit Ausbildungstruppen, die die Grundausbildung durchzuführen hatten. In jedem Bundesland wurde ein Militärkommando für territoriale Aufgaben (die bisher durch die Brigadekommanden wahrgenommen wurden) und für den Bereich des Ergänzungswesens errichtet. Dazu gehörten auch die territoriale Sanitätsversorgung und die territoriale Verwaltung. Anstelle von bisher zwei Einrückungsterminen gab es nun vier Einrückungstermine. Die Militärpfarren wurden durch diese Organisationsänderung Teil der Militärkommanden.

Mit 14. Dezember 1963 übernahm Militärvikar Erzbischof DDr. Franz Kardinal König die St. Georgs-Kirche in der Theresianischen Militärakademie Wr. Neustadt in feierlicher Weise. Damit wurde an die traditionsreiche Beziehung der Militärseelsorge zu dieser Stadt angeknüpft.

Am 10. August 1966 verstarb Militärprovikar Prälat Johann Innerhofer. Zu seinem Nachfolger wurde mit Wirkung 1. November 1966 Militärdekan Pater Leo Josef Fritz OFMCap, Militärpfarrer beim Gruppenkommando I in Wien, bestellt. Pater Leo Fritz gehörte dem Kapuzinerorden an, war nach seiner Priesterweihe an mehreren Orten als Geistlicher tätig und machte den Zweiten Weltkrieg als Sanitätssoldat, vor allem am italienischen Kriegsschauplatz (unter anderem Monte Cassino) mit. Nach dem Kriegsende übernahm er verschiedene Aufgaben in seinem Orden, war Volksmissionar, Exerzitienleiter und schon damals in der Jugendarbeit engagiert. Er stellte sich als Militärseelsorger zur Verfügung und war zunächst Militärpfarrer bei der 7. Gebirgsbrigade, später dann beim Gruppenkommando I.

Kardinal DDr. König nahm die Funktion des Militärvikars trotz seiner zahlreichen anderen Aufgaben bis 7. Mai 1969 wahr. In seiner Amtszeit erfolgte eine personelle und organisatorische Konsolidierung der Militärseelsorge im Bundesheer. So ergibt sich für den Zeitpunkt der Übergabe des Amtes des Militärvikars folgende Situation der Militärseelsorge im Bundesheer:

•   bei den drei Gruppenkommanden besteht je eine besetzte Militärpfarre
•   bei den Militärkommanden bestehen 13 Militärpfarren (Niederösterreich hatte vier Militärpfarren), davon war nur die Militärpfarre Vorarlberg nicht besetzt
•   die dienstrechtliche Situation der Offiziere des Militärseelsorgedienstes als Angehörige der Verwendungsgruppe H1 war geregelt
•   zur Unterstützung hatte der Militärpfarrer nun einen Unteroffizier als Pfarradjunkt, manchmal auch einen eigenen Kraftfahrer
•   für die seelsorglichen Aufgaben der Militärpfarrer bzw. den Lebenskundlichen Unterricht bestanden erlaßmäßige Regelungen
•   in Wien stand die Stiftskirche, in Graz die Klosterkirche der Barmherzigen Brüder als Garnisonskirche zur Verfügung
•   in einigen Kasernen konnten bestehende Kirchen oder Kapellen instand gesetzt werden (z. B. Salzburg - Schwarzenberg-Kaserne, Eisenstadt - Martin-Kaserne)
•  beginnend mit dem Bau einer Holzkirche in Götzendorf im Jahr 1958 entstanden in mehreren Kasernen Kirchen oder Kapellen, die zumeist mit großer Unterstützung durch die Truppe gebaut wurden (z. B. Großmittel, Klagenfurt/Lendorf). Vor allem aber auf Truppenübungsplätzen (z. B. Wattener Lizum, Seetaler Alpe, später dann Allentsteig) entstanden Soldatenkirchen
•  die Matrikenführung war geregelt und erfolgte nun zentral im Militärvikariat
•  im Februar des Jahres 1969 hatte sich die Arbeitsgemeinschaft Katholischer Soldaten als Katholische Aktion der Militärseelsorge konstituiert, deren Mitglieder bisher als einzelne oder in kleineren Gruppen die Militärseelsorger unterstützt hatten.
•  Schließlich sei noch die erste Teilnahme von 1300 österreichischen Soldaten an der Internationalen Militärpilgerfahrt nach Lourdes im Jahr 1960 erwähnt.