Mai 1969 bis Dezember 1986
Wegen der hohen Arbeitsbelastung des Wiener Erzbischofs Kardinal DDr. König mußte dieser sein Amt als Militärvikar zurücklegen. Papst Paul VI. bestellte mit 8. Mai 1969 Bischof Dr. Franz Zak, Diözesanbischof von St. Pölten, zum neuen Militärvikar. Dr. Zak war der fünfte Bischof der Diözese St. Pölten, der der Militärseelsorge vorstand.
Militärprovikar blieb bis zu seiner Versetzung in den Ruhestand mit 31. Dezember 1969 P. Leo Fritz (+ 23. Februar 1977). Mit 1. Jänner 1970 trat Militärdekan Franz Gruber sein Amt als Militärprovikar an. Am 1. Jänner 1973 wurde die Militärpfarre 5 beim Militärkommando Niederösterreich mit dem Amtssitz in Allentsteig errichtet. Zugleich wurde eine wesentliche Änderung der Kommandostruktur des Bundesheeres vorbereitet: Erstmals sollten die großen Kommanden durch einen dem BMLV unmittelbar unterstellten Führungsstab geführt werden.
Mit 1. Juli 1973 wurde das Armeekommando aufgestellt, das personell großteils aus Angehörigen des früheren Gruppenkommandos I bestand. Die beiden anderen Gruppenkommanden wurden zu Korpskommanden umgegliedert. Mit der Aufstellung des Armeekommandos wurde aus der bisherigen Militärpfarre beim Gruppenkommando I die Dekanatspfarre beim Armeekommando errichtet und mit deren Leitung Militärdekan Msgr. Josef Gaupmann betraut, der damit auch die Funktion des katholischen Armeepfarrers wahrnahm. Die gleiche organisatorische Lösung galt auch für die evangelische Armeepfarre.
Mit Wirkung vom 1. Jänner 1974 wurden dann aus den bisherigen Militärpfarren beim Korpskommando I (Graz) und Korpskommando II (Salzburg) Dekanatspfarren. Die neue Heeresstruktur sah nun die folgende Gliederung vor, der auch die Struktur der Militärseelsorge folgte:
• Das Armeekommando in Wien mit der Dekanatspfarre beim Armeekommando (der anfänglich die Militärpfarren in Wien und Niederösterreich zugeordnet waren, später dann die Militärpfarren in Wien, an der Theresianischen Militärakademie und an der Heeresunteroffiziersschule).
• Das Korpskommando I in Graz mit der zugehörigen Dekanatspfarre, dem die Militärkommanden Niederösterreich (mit 5 Militärpfarren), Steiermark und Burgenland unterstellt waren.
• Das Korpskommando II in Salzburg mit der zugehörigen Dekanatspfarre, dem die Militärkommanden in Salzburg, Kärnten, Oberösterreich, Tirol und Vorarlberg unterstanden. Die seelsorgliche Betreuung des Personals der Fliegerkräfte erfolgte durch die territorial zuständige Militärpfarre.
Im April des Jahres 1974 fanden in Österreich die ersten Pfarrgemeinderatswahlen statt, damit wurden auch im Bereich des Militärvikariates erstmals Militärpfarrgemeinderäte gewählt.
Die Entwicklung des Heeres in der Zeit nach 1973 war geprägt durch das Konzept der "Raumverteidigung". Die erhöhte Bedeutung der Reservetruppen, der "Miliz", sowie die Beteiligung Österreichs an friedenserhaltenden Operationen der Vereinten Nationenen. (ua. durch Stationierung der österreichischen UN-Kontingente auf Zypern und am Golan) fanden auch in der Konzeption der Militärseelsorge ihren Niederschlag. Die Erhöhung der Zahl der Reserveverbände wie auch die Militärseelsorge bei den beiden UN-Kontingenten bewirkten eine verstärkte Einbeziehung von Seelsorgern aus dem zivilen Bereich als Militärseelsorger der Reserve.
Am 28. Oktober 1975 beschloß der Ministerrat nach zehnjährigen Beratungen den "Landesverteidigungsplan", dessen Kernidee die "umfassende Landesverteidigung" bildete. Ziel der militärischen Planungen sollte der Aufbau eines Heeres nach Mobilmachung im Umfang von 300.000 Mann im Jahr 1994 sein. Bischof Dr. Zak erließ im Jahr 1977 die Statuten des "St. Georgs-Orden" als kirchliche Auszeichnung des Militärvikars.
Am 10. August 1983 erließ der Militärvikar eine Verfügung über die Militärseelsorge im Bundesheer. Darin wurden der Jurisdiktionsbereich des Militärvikars, die Aufgaben des Militärprovikars und des Militärvikariates, die Militärpfarren mit ihrem Amtssitz und die wichtigsten Aufgaben der Militärseelsorger dargestellt. In dieser Verfügung wird erstmals parallel zur Bezeichnung "Militärvikar" auch die Bezeichnung "Militärbischof" verwendet.
Im gleichen Jahr trat am 1. Adventsonntag der neue Codex Iuris Canonici in Kraft. Im März des Jahres 1984 wurden zusammenfassende Richtlinien für den "Militärseelsorgedienst im Bundesheer" erlassen, die sowohl für die katholische wie auch für die evangelische Militärseelsorge gelten. Sie behandeln in erster Linie Ziele und Durchführung des Lebenskundlichen Unterrichtes, die seelsorgliche Betreuung sowie organisatorische und administrative Angelegenheiten der Militärseelsorge.
Der Einsatz von Laien in verschiedenen Aufgaben in der Liturgie (z. B. als Lektor, Kommunionspender) sowie in der Unterstützung des Pfarrers in der Pastoral hat nach dem Zweiten Vatikanum zugenommen. In der Militärseelsorge wurde im Jahr 1985 erstmalig ein Pastoralassistent, nämlich Mag. Franz Landerl, Diözese Linz, eingesetzt, der dem Militärvikariat durch die Diözese Linz zur Verfügung gestellt wurde.